Ruiny Machu Picchu z początku pomyłkowo utożsamiano z Vilcabambą, dawną stolicą Inków. Mieszkańcy w pełni wykorzystali teren wokół miasta, tworząc na zboczach np. tarasy uprawne. Kolejnym przykładem doskonałego wykorzystania położenia, jest wybudowanie murów w połączeniu ze potężnymi skałami. Miasto twierdza w niższych częściach posiadało rozbudowane dzielnice mieszkalne. Centrum rozrywki znajdowało się w zachodniej części miasta.

O wysokim rozwoju cywilizacji świadczy również - położone na najwyższej części terenu - obserwatorium astronomiczne. Miasto posiadało również szereg kanałów doprowadzających wodę. Charakterystycznym elementem Machu Picchu są wszechobecne schody. Miasto było położone na różnych poziomach, dlatego schody stały się nieodłącznym elementem komunikacji.